「Python實戰項目」針對醫療數據進行命名實體識別
一.什么是命名實體識別
二.基于NLTK的命名實體識別
三.基于Stanford的NER
四.【實戰案例】醫學糖尿病數據命名實體識別
一 、什么是命名實體識別?
命名實體識別(Named Entity Recognition,簡稱NER),又稱作“專名識別”,是指識別文本中具有特定意義的實體,主要包括人名、地名、機構名、專有名詞等。通常包括兩部分:(1)實體邊界識別;(2) 確定實體類別(人名、地名、機構名或其他)。
命名實體識別通常是知識挖掘、信息抽取的第一步,被廣泛應用在自然語言處理領域。接下來,我們將介紹常用的兩種命名實體識別的方法。
二 、基于NLTK的命名實體識別:
NLTK:由賓夕法尼亞大學計算機和信息科學使用python語言實現的一種自然語言工具包,其收集的大量公開數據集、模型上提供了全面、易用的接口,涵蓋了分詞、詞性標注(Part-Of-Speech tag, POS-tag)、命名實體識別(Named Entity Recognition, NER)、句法分析(Syntactic Parse)等各項NLP領域的功能。
使用前需要先下載NLTK,下載地址為:http://pypi.python.org/pypi/nltk,安裝完成后,在python環境下輸入import nltk測試是否安裝成功,然后輸入nltk.download()下載nltk所需要的數據包,完成安裝。
Python代碼實現(注意文件的編碼格式為utf-8無BOM格式):
-- coding: utf-8 --
import sys
reload(sys)
sys.setdefaultencoding(‘utf8’) #讓cmd識別正確的編碼
import nltk
newfile = open(‘news.txt’)
text = newfile.read() #讀取文件
tokens = nltk.word_tokenize(text) #分詞
tagged = nltk.pos_tag(tokens) #詞性標注
entities = nltk.chunk.ne_chunk(tagged) #命名實體識別
a1=str(entities) #將文件轉換為字符串
file_object = open(‘out.txt’, ‘w’)
file_object.write(a1) #寫入到文件中
file_object.close( )
print entities
具體的方法可參考NLTK官網介紹:http://www.nltk.org/,輸出的結果為:
>>> entities = nltk.chunk.ne_chunk(tagged)
>>> entities
Tree(‘S’, [(‘At’, ‘IN’), (‘eight’, ‘CD’), (“o’clock”, ‘JJ’),
(‘on’, ‘IN’), (‘Thursday’, ‘NNP’), (‘morning’, ‘NN’),
Tree(‘PERSON’, [(‘Arthur’, ‘NNP’)]),
(‘did’, ‘VBD’), (“n’t”, ‘RB’), (‘feel’, ‘VB’),
(‘very’, ‘RB’), (‘good’, ‘JJ’), (‘.’, ‘.’)])
當然為了方便查看,我們可以以樹結構的形式把結果繪制出來:
>>> from nltk.corpus import treebank
>>> t = treebank.parsed_sents(‘wsj_0001.mrg’)[0]
>>> t.draw()
三 、基于Stanford的NER:
Stanford Named Entity Recognizer (NER)是斯坦福大學自然語言研究小組發布的成果之一,主頁是:http://nlp.stanford.edu/software/CRF-NER.shtml。Stanford NER 是一個Java實現的命名實體識別(以下簡稱NER))程序。NER將文本中的實體按類標記出來,例如人名,公司名,地區,基因和蛋白質的名字等。
NER基于一個訓練而得的Model(模型可識別出 Time, Location, Organization, Person, Money, Percent, Date)七類屬性,其用于訓練的數據即大量人工標記好的文本,理論上用于訓練的數據量越大,NER的識別效果就越好。
因為原始的NER是基于java實現的,所以在使用Python編程之前,要確保自己電腦上已經安裝了jar1.8的環境(否則會報關于Socket的錯誤)。
然后我們使用Pyner使用python語言實現命名實體識別。下載地址為:https://github.com/dat/pyner
安裝Pyner:解壓下載的Pyner,命令行中將工作目錄切換到Pyner文件夾下, 輸入命令 :python setup.py install 完成安裝.
接下來,還需要下載StanfordNER工具包,下載地址為:http://nlp.stanford.edu/software/stanford-ner-2014-01-04.zip,然后在解壓后的目錄打開cmd命令窗體,執行,java -mx1000m -cp stanford-ner.jar edu.stanford.nlp.ie.NERServer -loadClassifier classifiers/english.muc.7class.distsim.crf.ser.gz -port 8080 -outputFormat inlineXML,直到結果為:Loading classifier from classifiers/english.muc.7class.distsim.crf.ser.gz … done [1.2 sec].
以上操作是因為斯坦福的命名實體識別是基于java的socket寫的,所以必要保證有一個窗題與我們執行的命令通信。最后,我們終于可以使用python編程實現NER了:
import ner
import sys
import nltk
reload(sys)
sys.setdefaultencoding(‘utf8’)
newfile = open(‘news.txt’)
text = newfile.read()
tagger = ner.SocketNER(host=’localhost’, port=8080)#socket編程
result=tagger.get_entities(text) #stanford實現NER
a1=str(result)
file_object = open(‘outfile.txt’, ‘w’)
file_object.write(a1)
file_object.close( )
print result
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